Οι συλλογές του Ιδρύματος συγκροτούνται το 1974 με την αρχική δωρεά 6.000 αντικειμένων από την Ιωάννα Παπαντωνίου και σήμερα αριθμούν 45.000 αντικείμενα άμεσα συνδεδεμένα με τον λαϊκό και τον νεότερο ελληνικό πολιτισμό. Τα περισσότερα αντικείμενα χρονολογούνται στα τέλη του 19ου αιώνα και στις αρχές του 20ού, ενώ υπάρχουν και αρκετά παλαιότερα, όπως για παράδειγμα τα "κοπτικά", με «σημεία» και «κλαβία» από αιγυπτιακές τουνίκες του 6ου μ.Χ. αιώνα. Η ενδυματολογική συλλογή, η συλλογή παιχνιδιών από όλο τον κόσμο, τα κοσμήματα, η ζωγραφική, τα σχέδια και τα χαρακτικά ξεχωρίζουν, ενώ σημαντική διαμορφώνεται και η συλλογή των ενδυμάτων μόδας και των εξαρτημάτων τους. Στο ΠΛΙ έχει δωρηθεί το σύνολο των συλλογών μόδας του Γιάννη Τσεκλένη, η συλλογή με κούκλες με τοπικές ενδυμασίες της Φανής Καζές, το αρχείο Γιάννη Μέτση και το ιστορικό αρχείο Τάκη Μαύρου.

Για την καλύτερη διαχείριση των συλλογών δημιουργήθηκε το πρόγραμμα ηλεκτρονικής καταγραφής μουσειακών συλλογών «ΑΡΙΣΤΕΙΔΗΣ», το οποίο σχεδιάστηκε εξ αρχής με βάση το know-how του ΠΛΙ, λαμβάνοντας υπόψη τα βασικά διεθνή πρότυπα για την τεκμηρίωση των εθνογραφικών αντικειμένων.